Боденское озеро находится в Предальпах. Длина береговой линии двух озёр составляет 273 км, из них 173 км находятся в Германии, 28 км в Австрии и 72 км в Швейцарии. Площадь Боденского озера составляет 535 км². Оно является, если суммировать Верхнее и Нижнее озёра, третьим по величине после озера Балатон (594 км²) и Женевского озера (582 км²) и вторым по величине озером в Центральной Европе по объёму воды (48 км³) после Женевского озера (89 км³). Водосборная площадь составляет 11 500 км².

Территория Верхнего озера составляет 473 км². Оно простирается между Брегенцом и Бодман-Людвигсхафеном на 63,3 км, максимальная ширина составляет 14 км (между Фридрихсхафеном и Романсхорном) и самое глубокое место между Фишбахом (район города Фридрихсхафен) и Утвильем измеряется в 254 м. Северо-западный пальцевидный рукав Верхнего озера называется озеро Уберлинген (Überlinger See). В общем словоупотреблении озеро Уберлинген рассматривается как самостоятельная часть озера, граница между Верхним озером и озером Уберлинген проходит вдоль линии между вершиной «Hörnle» полуострова Бодарюк (Bodanrück) и Меерсбургом. У трех небольших заливов побережья Форарльберга есть свои собственные имена: перед Брегенцем находится залив Брегенц (нем. die Bregenzer Bucht), перед Хардом и Фуссахом — залив Фуссах (нем. die Fußacher Bucht) и к западу от него так называемое око, усматривающее, откуда приходит буря (нем. Wetterwinkel). К западу от него, уже в Швейцарии, находится залив Роршах (нем. die Rorschacher Bucht). Севернее, на баварской стороне, расположен залив Ройтин (нем. die Reutiner Bucht). Железнодорожная насыпь от суши к острову Линдау (нем. Lindau) и мост через озеро для автомобильного сообщения отделяют от Боденского озера так называемое «Маленькое озеро», которое располагается между районом Аешах и островом. К востоку от Констанца располагается залив Констанцер Трихтер (нем. der Konstanzer Trichter).
Нижнее озеро, Унтерзе, которое отделено от Верхнего озера или от северо-западного рукава озера Уберлинген большим полуостровом Бодарюк, занимает площадь в 63 км². Оно образовано и сильно разделено конечными моренами различных цунгов и средними моренами. У этих частей озера есть собственные имена. К северу от острова Райхенау находится озеро Гнаден (нем. Gnadensee). К западу от острова Райхенау, между полуостровом Хёри (нем. Höri) и полуостровом Меттнау (нем. Mettnau), находится озеро Целлер (нем. Zellersee). Друмлины южной части полуострова Бодарюк продолжаются на этих северных частях озера. Южнее Райхенау, от Готтлибена до Эшенца, простирается Рейн с его отчасти выраженным течением. На большинстве картах имя Рейн (нем. Rheinsee) не представлено.